Dans ce survival horror narratif à la troisième personne se déroulant 300 ans dans le futur, le joueur incarnera Jacob Lee, un homme victime de son destin envoyé croupir dans la prison de Fer Noir, un pénitencier de sécurité maximale situé sur Callisto, une lune de Jupiter.
Lorsque les détenus commencent à se transformer en créatures monstrueuses, la prison est plongée dans le chaos. Pour survivre, Jacob doit s'échapper de la prison de Fer Noir. Peu à peu, tous les secrets macabres enfouis sous la surface de Callisto se révèleront à lui. Jacob devra adapter ses techniques de combat, une combinaison unique de tir et de corps à corps, pour vaincre des créatures qui ne cessent d'évoluer.
Il devra également explorer les lieux pour déverrouiller de nouvelles armes, équipements et compétences afin d'échapper aux dangers et aux horreurs de la lune morte de Jupiter.
L'édition Day One comprend : le jeu The Callisto Protocol, les skins de personnage et d'arme Prisonnier Rétro et le pack Contrebande (exclusivité PlayStation).
